Lietuvos Respublikos Geriamojo vandens įstatyme reglamentuojama, kad vandens tiekėjai, programines priežiūros metines ataskaitas per vieną mėnesį po ataskaitinio laikotarpio pabaigos, turi pateikti savivaldybės merui ir maisto kontrolės institucijai, o apie programinės priežiūros rezultatus viešai pranešti geriamojo vandens vartotojams. Pasak UAB „Šakių vandenys“ direktoriaus Vaido Litinsko, tokia informacija suteikiama asmeniškai kiekvienam gyventojui, nepatingėjusiam paskambinti į bendrovės administraciją. Artimiausiu metu apie geriamojo vandens kokybę galvojama informuoti bendrovės internetinėje svetainėje. Tai būtų vienintelė vieša erdvė, kurioje būtų galima sužinoti tokią informaciją.
Pagal 2013 metais paruoštą programinę priežiūrą, vandens tiekėjai, nustatytu dažniu atrenka geriamojo vandens mėginius išveža juos į akredituotas laboratorijas cheminiams ir mikrobiologiniams tyrimams atlikti.
Valstybinė maisto ir veterinarijos tarnyba informuoja, kad rajono vandenvietėse mikrobiologinės vandens savybės atitinka nustatytus reikalavimus, tačiau cheminės analizės - ne visada. Paskutiniais metais, tiriamuose vandens mėginiuose dažniau nustatomas padidėjęs geležies, amonio ar chlorido kiekis. Jeigu geležies kiekis vandenyje viršija leistiną normą keletą kartų, vanduo tampa rudas, o padidėjęs amonio kiekis - suteikia vandeniui nemalonų kvapą. Bendrosios geležies didesni kiekiai randami Kuodžių, Turčinų, Braškių Žaltynų, Valakbūdžio vandenvietėse. Leistinas chlorido kiekis viršijamas Keturnaujienos, Sintautų Žilių, Žvirgždaičių vandenvietėse. Padidinti amonio kiekiai nustatomi Patašinės, Bliuviškių, Baltrušių vandenvietėse. Geriausias geriamasis vanduo Šakių rajone tiekiamas Gelgaudiškio gyvenvietėje.
Rajono vandenvietėse įrengta 11 nugeležinimo įrenginių. Tiek geriamojo vandens tiekėjų atliekamos geriamojo vandens programinės priežiūros, tiek valstybinės kontrolės duomenys rodo, kad kai kuriais atvejais tiekiamo geriamojo vandens kokybė nėra pakankama (nustatomas padidintas geležies, amonio kiekis). Šios medžiagos nekelia tiesioginės grėsmės vartotojų sveikatai, tačiau pablogina geriamojo vandens juslines savybes. Vandens skonis ir išvaizda dažnai yra apgaulinga. Pavyzdžiui, rusvos spalvos nemaloniai kvepiantis vanduo gali būti saugus, o skaidrus ir labai skanus vanduo dėl padidėjusio nitratų kiekio gali būti pavojingas sveikatai. Įspėjama, jog įsitikinti, ar vanduo tinkamas vartoti, galima tik ištyrus jį akredituotoje ar atestuotoje laboratorijoje.
Rajone požeminio vandens monitoringas vykdomas Šakių, Kudirkos Naumiesčio, Gelgaudiškio ir Kidulių vandenvietėse. Šakių rajono savivaldybės 2011-2017 metų plėtros strateginiame plane numatyta atlikti rajono vandenviečių aprobavimą ir sanitarinių apsaugos zonų nustatymą.